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抗体有时会因为非特异的蛋白-蛋白相互作用结合细胞内成分，因为疏水作用结合脂肪，也可能会结合一些细胞表面的抗体受体。为了消除由于抗体非特异性与细胞结合而产生的背景染色，都可以用无关抗原的相同亚型抗体来比照，即同型对照(Isotype control)。同型对照一般选择与对应抗体种属来源相同、亚型相同、荧光标记相同的抗体。在用量上，应加入与对应抗体等量微克的同型对照。
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