细菌是否有芽孢以及芽孢的形状和位置都是细菌的重要特征，细菌的芽孢壁比营养细胞的细胞壁结构复杂、致密、通透性低，着色和脱色都比营养细胞困难。芽孢有很强的抗热和抗化学物质的特性，当采用碱性染料并加热或延长染色时间时，使菌体和芽孢都能着色，再用蒸馏水冲洗脱去菌体颜色，但芽孢的颜色仍然可以保留，可以在显微镜下明显区分芽孢和营养体的形态。

芽孢染色液(Moeller法)主要由石炭酸染色液、Moeller亚甲蓝染色液、Moeller脱色液组成，芽孢会被染成红色，菌体呈红色，操作简单，结果判断更可靠，但应注意，观察芽孢应在成熟期，但也不能过久，否则只能看到芽孢，而营养体已经消失。