黏液物质染色有多种方法，如AB-PAS染色、黏液HID-AB染色、标准阿利新蓝染色等，以上方法大多是利用阿利新蓝(Alcian)属于阳离子染料可与酸性基团结合，也即阿尔辛蓝与组织内含有的阴离子基团如羧基和硫酸根形成不溶性复合物这一原理。

黏蛋白染色液(温和甲基化法)属于化学修饰和阻断法的一种，其原理是利用含酒精的碱性溶液裂解耐酶唾液酸中的O-乙酰基，O-乙酰基的去除及唾液酸侧链羟基的形成恢复了唾液酸对PAS的反应性；Alcian染色液pH值为2.5时组织内的羧基电离，带有一个负电荷，与阿利新蓝中的阳离子形成盐键，使带有羧基的组织(如蛋白多糖/透明质酸以及上皮酸性黏蛋白)染色，主要用于鉴别黏蛋白中的酸性基团。