不同的氨基酸带有不同化学性质的侧链基团，有的带有碱性侧链，有的带有酸性侧链，由此组成的蛋白质具有不同数目的碱性基团和酸性基团，这些基团会使蛋白质在不同的pH溶液中带有不同的净电荷，整个蛋白质分子带正电荷多，即为碱性蛋白(等电点偏向酸性)；整个蛋白质带负电荷多，即为酸性蛋白质(等电点偏向酸性)。利用蛋白质的两重性(酸碱性)及与酸性和碱性染料离子形成盐的能力，在pH=2.2（即所有蛋白质等电点之下），全部蛋白质能被固绿染色；在pH=8.1~8..2范围内，碱性蛋白质被固绿染色。

酸性蛋白染色液是利用酸性蛋白质与带有正电荷的酸性染料固绿结合进行染色，细胞中含量丰富的酸性蛋白主要存在于细胞质和核仁中，因此染色后细胞质和核仁大部分被染成绿色。由于酸性条件pH为2.2上下，在所有蛋白质等电点之下，因此全部蛋白质能被固绿染色，因此，酸性蛋白染色液也被称作总蛋白固绿染色液。