线粒体是细胞能量的来源，其形态可以有较大的变化(从杆状到圆形)。线粒体体积很小，只有借助电子显微镜才能观察到，线粒体包含遗传性母体DNA，其数量、大小和形状根据动物细胞类型而有差异。观察线粒体的优选方式是用电子显微镜，组织病理学方法如Altmann技术是有帮助的。用组织化学方法成功显示线粒体取决于以下几个因素：组织必须新鲜固定，切片薄(2~3μm)，由于当细胞缺氧或死亡后线粒体是发生退行性变早期的细胞器之一，快速固定至关重要。

线粒体染色以Champy-Kull方法结果较好，但是染色技术较复杂。