可应用于骨外黏液样软骨肉瘤及涎腺腺泡细胞癌的辅助诊断。骨外黏液样软骨肉瘤伴有EWSR1-NR4A3融合，需与其他伴有黏液样变的的多种小圆细胞肉瘤相鉴别，而这些肿瘤也可能伴有EWSR1与别的伙伴基因相融合。。所以，单独用EWSR1断裂探针是不足以将骨外黏液样软骨肉瘤鉴别出来，需加做或专做NR4A3断裂探针才行。另外，2019年，AJSP也报道了涎腺腺泡细胞癌中NR4A3免疫组化和FISH是有效的鉴别诊断标志物，可将腺泡细胞癌鉴别出来。作者入组了64例腺泡细胞癌（其中含17例高级别转化），与29例乳腺分泌性癌（MASC）及70例其他涎腺癌相比较。腺泡细胞癌中，NR4A3免疫组化具有100%特异性及98%灵敏度，而FISH灵敏度稍低（84%）。而在MASC及其他涎腺癌中没发现有NR4A3免疫组化或FISH易位阳性。作者认为，NR4A3免疫组化是高度特异及灵敏的标志物，特别是在伴有高级别转化及“zymogen granule”的病例中（与MASC相鉴别的难度较大）。